TYKS Vakka-Suomen sairaala on osa Turun yliopistollista keskussairaalaa.
TYKS Vakka-Suomen sairaalalla on oma virkamiesjohto, joka on suoraan VSSHP:n johtajan alainen. Ylintä päätäntövaltaa käyttää VSSHP:n valtuusto ja hallitus. Sairaalalla on ohjausryhmä, joka koostuu kaupunkien ja kuntien virkamiehistä sekä hallitusten ja kuntayhtymien puheenjohtajista.